La villa fu edificata nel 1734 sulla struttura di un precedente baglio ad opera della famiglia Requensez dei principi di Pantelleria. E' una delle tante ville che sorsero nella piana dei Colli a partire dal '700 e testimonia la grande trasformazione che subì la campagna intorno a Palermo per iniziativa dei nobili che attenti ad ogni novità esterofila avevano seguito l'usanza della nobiltà inglese e francese di costruirsi case per la villeggiatura nelle campagne circostanti la città. Una delle zone di espansione urbanistica fu la Piana dei Colli (a Nord della città) che il marchese di Villabianca descrive come grande e ridente prateria del contado palermitano, detta dei Colli perché compresa tra montagne brulle: Monte Pellegrino, Monte Gallo e Monti Billiemi che per la loro altezza limitata furono chiamati "Colli". Qui, oltre ai nobili, contribuirono a rafforzare la nuova usanza anche alcuni mercanti e grandi borghesi attratti dalla possibilità di ottenere considerevoli guadagni dalla coltivazione di orti e vigneti.

Essi avevano ben capito di trovarsi in condizione di inferiorità rispetto alla grande agricoltura europea, perché rimanevano ancorati alla monocoltura cerealicola e all'allevamento brado del bestiame, perciò decisero di trasformare le loro proprietà in aziende agricole con produzioni varie, e con una casa circondata da fiori (flora).

Fu incrementato il sommacco (materia prima per la concia delle pelli), furono piantati vigneti, furono curati olivi di varia qualità, si piantarono mandorli domestici ed alberi di frutta varia; nei terreni più aridi e dove la roccia era affiorante si piantarono appositamente fichidindia per rompere la roccia e creare così un terreno da destinare a colture più redditizie, l'erba migliorò di qualità, si scavarono numerosi pozzi per prendere l'acqua, che abbondante scorreva nel sottosuolo, ed irrigare colture deperibili come gli agrumi.

I proprietari decisero inoltre di girare di muri le loro terre per impedire l'accesso agli intrusi che potevano arrecare danni e sistemarono la viabilità facendo costruire strade carrozzabili per poter raggiungere le loro aziende più agevolmente. Le ville che si trovano nella Piana dei Colli non furono tutte costruite ex novo ma ad esclusione di qualche sporadico caso, rappresentato ad esempio dalla Villa del Principe di Resuttano, molte nacquero dalla trasformazione di corpi di fabbrica preesistenti, di origine esclusivamente agricole ( Bagli ) e talvolta fortificati per far fronte al pericolo di incursioni piratesche dal vicino golfo di Mondello. In questo quadro di organizzazione della campagna dei Colli Villa Pantelleria divenne quindi una villa immersa in un vastissimo parco cui si accedeva da un viale aperto da due pilastri sormontati da leoni rampanti simbolo dei Principi di Pantelleria.

Estintasi la famiglia Requensez Villa Pantelleria passò ai Naselli d'Aragona, famiglia di origine longobarda che ricevette il titolo di principi d'Aragona nel 1775 e si estinse con la morte di Baldassare VI ultimo discendente maschio e il matrimonio di Marianna con Don Nicolò Burgio; la villa quindi passò ai Burgio. Verso la fine del Settecento le terre che un tempo costituivano l'azienda agricola vennero date in gabella e la villa limitata alla sua "flora" e a qualche giardino, perdette la funzione per cui era stata costruita e diventò unicamente il luogo per la villeggiatura.

Alla fine dell'Ottocento venne acquistata dai Naselli Flores e parte del parco venne poco a poco lottizzata e la casena trascurata e accerchiata da palazzi residenziali. Negli anni, infatti e avvenuta una grande trasformazione del territorio, una nuova viabilità solca la Piana dei Colli annullando le vecchie e tortuose trazzere incassate trai muri dei giardini di agrumi, in gran parte scomparsi anch'essi; nuovi quartieri sono sortì là dive un tempo c'erano le "flore" e i giardini con i loro sentieri.

Ciò e accaduto perché negli anni sessanta e stato annullato con decreto del presi-dente della Regione il vincolo che un'apposita commissione aveva proposto per la salvaguardia delle ville settecentesche della Piana dei. Colli e sono rimaste ignorate le comici formate dai muri delimitanti i giardini le rampe carrozzabili e altri elementi con cui era arredato io spazio intorno alle ville, in molti cast questi elementi sono stati coperti dal. cemento dei palazzi costruiti durante l'espansione edilizia che c'è stata nella zona della piana dei colli. Anche i terreni di Pantelleria in massima parte sono edificati e nuove strade di Piano regolatore li attraversano.

La villa ritrovò un momento di gloria nel 1977, quando divenne sede del Centro Django Reinhardt, guidato dal musicista Claudio Lo Cascio a cui fu ceduto per un canone simbolico. Lo Cascio ne fece un centro culturale interdisciplinare dedicato al jazz, alla musica lirica, sinfonica, elettronica e folk, frequentato da giovani appassionati; una felice esperienza che durò fino al 1990 anno in cui arrivarono i Caravelle a comprarsi villa Pantelleria. Come avevano tatto già con i terreni di Pallavicino più su verso rinserra. Mafiosi imprenditori abilissimi nel tare incetta di aree. Passò così di mano la dimora che Francesco Requensens e del Carretto aveva fatto erigere a partire dall'acquisto dei terreno nel 1734 da Carlo Catalano. Venivano ora i costruttori a occuparsi di rutto e prevedevano di costruirvi tre palazzi. Portarono una gru. Ma arrivarono le indagini. Nei 1995 la villa fini sequestrata. E nel 2001, con la confisca, arrivò al Demanio che la stimò due milioni di euro.

Seguirono anni di incuria e di abbandono durante i quali la villa ha subito la visita di saccheggiatori che hanno portato via persino le piastrelle e hanno deturpato muri ed affreschi.

Nel 2003, con la confisca definitiva, la villa passò al Comune. In giunta, con Diego Cammarata c'era Michele Costa. Fu lui a ricevere dalle mani del Demanio l’atto di consegna vincolato.

Villa Pantelleria doveva diventare la Biblioteca della legalità, magari ospitando le sedi di almeno quanto associazioni antimafia: i centri La Torre e Impastato, le Fondazioni Costa e Terranova. Aiutato;'via'Costa, dell'idea resta solo quel vincolo nella consegna.

Da allora ad oggi il Comune l'ha tolta dal degrado in cui versava, ha posto i sigilli alla casena e fu bonificato l'area da ogni tipo di materiale di  risulta e l’ha aperta alla città affidandola al "Teatro per la libertà" associazione teatrale di Lollo Franco per farne sede estiva delle sue attività teatrali con la sua compagnia formata oltre che da attori professionisti anche da detenuti ed ex detenuti del carcere di Pagliarelli. Un'enorme area verde confiscata alla Mafia è diventata oggi luogo di  riscatto sociale e culturale.

E’ in previsione il restauro della casena di cui l'Amministrazione è riuscita a frenare la completa devastazione, salvando le ceramiche che stavano per essere asportate e le tegole del tetto in procinto di essere divelte. E stato Inserito nel Pia no triennale delle Opere pubbliche il restauro dell'immobile che e destinato a diventare sede della Biblioteca della legalità della Città di Palermo, della Fondazione Costa e dell’ Associazione Impastato

Si auspica insieme ad" Associazione Italia Nostra che quel che resta del vastissimo

parco possa essere destinata a verde pubblico e alta realizzazione di un parco giochi per i bambini del quartiere che è privo di spazi verdi pubblici.